21 Maret 2011

Tips Optimasi Struktur Dengan HyperChem

Mengoptimasikan Struktur Molekul

HyperChem menggabungkan kemampuan optimasi untuk mekanika kuantum dan mekanika molekul teknik dengan fasilitas untuk manipulasi struktur dan visualisasi,simulasi dinamika molekul dan penyesuaian dalam sistem, terintegrasi molekul-model meja-top. Dengan HyperChem, kita dapat dengan mudah menentukan strukturmolekul yang stabil. Kemampuan ditambahkan untuk menangani pembatasan dan bagian tertentu dari sistem memungkinkan pengoptimalan untuk menjadi alat untuk investigasi serta perbaikan.

Mengoptimasikan Secara langsung

Menemukan struktur molekul yang stabil mungkin adalah tugas komputasi yang paling umum dari program pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur dioptimasikan menentukan stabilitas konformasi yang berbeda, kesetimbangan isomerisasi, panasreaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia. HyperChem mencakup empat optimasi.

Sebuah optimizer curam, terutama berguna untuk menghilangkan cepat sterik parah dan masalah ketegangan dalam struktur menebak awal. Dua pengoptimasikan gradien konjugasi (Fletcher-Reeves dan Polak-Ribiere) untuk konvergensi efisien menuju minimum. Seorang Newton-Raphson pengoptimasi block-diagonal (MM + tenaga lapangansaja), yang bergerak satu atom pada waktu menggunakan bagian dari informasiturunan kedua.
Pendekatan Terpadu

HyperChem menawarkan pendekatan yang benar-benar terintegrasi untuk optimasi struktur, memberikan efisiensi, kejelasan dan kemudahan penggunaan. Ini adalah fitur dari desain keseluruhan program yang memberikan beberapa manfaat penting. Set yang sama pengoptimalan bekerja dengan baik mekanika kuantum mekanikamolekul dan semi-empiris metode.
Optimasi pilihan, seperti kondisi penghentian, frekuensi update layar, dan pilihan algoritma, dapat ditetapkan dengan cara yang persis sama untuk semua metode dansemua algoritma optimasi. Umpan balik visual pada optimasi ini disediakan secara konsisten di seluruh metode. Pengguna mempertahankan kemampuan penuh untuk memutar dan menerjemahkanmolekul sementara optimasi yang sedang berlangsung.

Seleksi
HyperChem ekstensif menggunakan kemampuan untuk memilih bagian dari suatu sistem. Seleksi membawa kemampuan tambahan dengan sistem dalam konteks optimasi.

Mengoptimasikan Pemilihan 

Jika beberapa atom yang dipilih saat optimasi saat dimulai, yaitu hanya atom yang dipilih akan diizinkan untuk bergerak, seluruh sistemnya akan  selalu tetap. HyperChem memperlakukan bagian yang tidak dipilih sebagai potensi untuk dimasukkan dalam perhitungan kuantum. Dengan cara ini, HyperChem memungkinkan pengguna untuk melakukan perhitungan kuantum pada bagian-bagian dari sistem yang besar sementara masih mempertahankan pengaruh dari sisa sistem itu.
Menggunakan pilihan untuk menahan Pasukan

Pilihan memungkinkan Anda untuk membangun dalam menahan  Pasukan untuk jarak, sudut dan sudut dihedral antara atom-atom yang tidak perlu terikat. Atom juga dapat ditambatkan ke titik-titik di ruang angkasa. Pembatasan ini memiliki beberapa aplikasi:

Untuk memaksa sistem menuju struktur bunga.
Untuk membangun struktur dari data eksperimental (seperti jarak atau sudut torsidideduksi dari percobaan NMR). Docking oleh Optimasi

"Docking" molekul kecil ke sebuah situs pada molekul yang lebih besar adalah tugas umum dalam penyelidikan biokimia. Kemampuan struktur luas HyperChem'smengoptimalkan memberikan rute yang efektif untuk menjelajahi struktur sistem yang merapat.

Mengingat dua molekul, dan hipotesis yang pasang atom yang berdekatan, docking perhitungan dapat dimulai dengan membangun satu set pembatasan untuk mengoptimasi yang menentukan jarak tersebut. Setelah pembatasan ini berada di tempat, pilih molekul kecil, dan mengoptimasikan strukturnya. Pasukan menahan diri menariknya ke tempat di situs docking tersebut. Setelah selesai, hambatan dapat dihapus dan optimasi terakhir selesai untuk mendapatkan struktur yang akurat.

Docking adalah salah satu contoh dari jenis tugas kimia yang menarik yang dapat ditangani dengan menggunakan fitur HyperChem optimasi. Oke para pembaca setia Dunia Optimasi terimakasih telah membaca Tips Optimasi Struktur Dengan HyperChem, semoga bermanfaat dan menambah pengetahuan kita tentang Struktur, khususnya struktur yang saya bahas struktur dengan HpperChem

16 komentar:

amcied mengatakan...

sangat bermanfaat bos... trimksih info'y..

Dunia Optimasi mengatakan...

amcied, sama-sama bos, ayo di cobain resep optimasi strukturnya hehe, terimakasih dan salam sahabat.

adibey mengatakan...

mantaf info'a sob... bakal sering k mari nih..hee


lam knl...

Dunia Optimasi mengatakan...

adibey, o iya sahabat silahkan baca-baca artikel saya, mungkin ada yang bermanfaat untuk anda, terimakasih dan salam sahabat.

Obat Sakit 2011 mengatakan...

aku baru dengar yang hyper ini sob
sharing yang bagus

Dunia Optimasi mengatakan...

teriakasih ya Bos komentarnya, o iya mengenai struktur sebenarnya kategorinya banyak, mungkin nanti update saya dilain waktu akan saya buat tentang optimasi struktur lainnya. salam sahabat.

Obat Sakit 2011 mengatakan...

strukktur molekul yang stabil tentu sangat sulit di dapatkan.
molekul selalu bergerak umumnya.
dengan hyperhem ini teratasi dah masalah itu

Dunia Optimasi mengatakan...

Obat Sakit 2011, benar Bos ternyata anda mempunyai wawasan yang lebih dari saya hehe, dari sebuah eksprimen pun tidak ada yang seratus persen dan kemungkinan banyak di 60% - 70%, salam sahabat.

Daris Firzan mengatakan...

thanks ilmunya :)

Dunia Optimasi mengatakan...

Daris Firzan, terimakasih juga bos sudah membaca artikel tentang strukur,salam sahabat.

LIQO SOFWARE mengatakan...

jasa buat account google adsense hanya 30rb (bisa diblog bhs indonesia) berminat?call/sms 02168936593, setelah account jd..baru byr..

Dunia Optimasi mengatakan...

Liqo Software, salam sahabat dan untuk sementara ini aku belum siap bos, kemungkinan nanti, karena banyak kerjaan selain blogging, o iya semoga bisnis saudara lancar dan dimudahkan rezekinya, amin.

Anton wijaya mengatakan...

Keren dan padat artikelnya, maaf bru sempat berkunjung,follow balik ya.thanks.

Euis Ryan mengatakan...

Ini dia info yg saya cari, makasih tutorial optimasinya, sangat berguna dan bermanfaat sekali.. dinantikan kunjungan baliknya ke blog saya:

www.euisryan.co.cc

Terima kasih..

Lina Marliana mengatakan...

aku mah.. kagak ngerti blas masalah beginian.. :D
Tapi bagus banget sudah sharing pengetahuan, pasti bermanfaat banget bagi yg membutuhkan.. :)

Dunia Optimasi mengatakan...

tapi sekarang jadi ngerti kan hehe, ya udah ga apa-apa buat nambahin wawssan anda.

Anda boleh mempublikasikan tulisan kami dengan catatan : 1. Wajib mencantumkan sumber kami dengan LINK AKTIF yang menuju HALAMAN INI. 2. Tidak mengubah baik sebagian atau pun keseluruhan tulisan. Termasuk SEMUA LINK YANG ADA DI DALAM ARTIKEL harus tetap ada dan aktif. Mengcopy artikel kami tanpa memberi link aktif berarti mengambil hak milik penulis. Hak cipta dilindungi oleh Undang-Undang.
 
Template by Dunia Optimasi .
Template Name : Simple Optimasi | sedang pengembangan